首先，将原来职权重叠、互相扯皮的门下省、书省、尚书省三省合为个枢省，并以左、右仆射兼同书门下平章事，为正职宰相；将原来的数个副相门下、书侍郎等改为参知政事，为副职宰相；废除尚书左、右丞的名号。以上五相成为了最高枢机关，辅助皇帝执政。
下面的六部只设尚书、侍郎为长官或副长官，负责主持各部事务。各部所属司级机构，除户部因事务繁多未多加减少外，其他五部大量裁减了各个机构，并明确了各自的职级和责任，对上对下的办事效率也有了大大的提高。
建炎初，为了应对金人的侵略、加强对地方的控制力度，朝廷设御营司主掌兵权，由宰相和执政兼任御营使和御营副使，枢与军事最高机构合并，后又设诸路军事都督和三衙等，以方便军事上的临阵指挥；地方上设置招讨司、宣抚使司、镇抚使司、制置使司等诸司，负责地方上的军事。
建炎末年，太上皇赵构收回地方军权之后，又恢复原枢密院管军旧制，但三院两府已经比以往有了大量的缩减。天子赵昚又按原来太子行在的机构，把原来有管理作战事务的枢密院变成了参谋机构，行在的谋士团大部了枢密院任职，原负责调兵的太尉府被撤消。
这样，虽然武将还不能直接领兵，但官原来可以在朝堂上与天子商议的调兵职责在不动声之被分薄，不能再直接控制军队的调动，军权从此完全控制在皇帝手。