但一切为时已晚。
福州、漳州、剑浦这几个大城市中，由于官府采用了强制手段，虽然很多人心内抵触，还是不得不按照官府要求去做。瘟疫的规模很快就被控制在一定范围内，因病死亡的人数也控制到历史最少。
但那些偏远乡村，即便以现在福建大都督府对其的控制力度，也无法让所有百姓按官府命令而行。很多人家把官府的不准喝生水和乱倒垃圾污物的通知视为麻烦，甚至故意把垃圾倒在官道上示威。而村庄被瘟疫波及后，又有人在族长带领下，四处投亲靠友，将瘟疫携带着传播到临近村落。
对于这种情况，大都督府很着急。文天祥亲自出马，把能找到的，稍通些医道的大夫全派了出去，甚至许下数倍的诊金，征募不怕死的大夫带领破虏军士兵去农村发药，协助百姓抗击瘟疫。但是，到了五月，依然有个别地区开始出现大批灾民死亡。
一些人，整家整家的倒在逃难路上。还有一些舍不得田里庄稼的硬汉，拎着锄头，倒在水田里。
哀鸿遍野。
个别地方已经成为人间地狱。
五月底，派出帮助百姓对抗瘟疫的破虏军士卒，带回了更让人担心的消息。在留守福建的破虏军士兵努力下，瘟疫蔓延的趋势被控制住了，然而经过去年达春等人的杀戮和今年瘟疫的侵袭后，福建中部，有大片地域成了无人区。田野里的庄稼都荒芜了，草已经长得比麦苗还高。
为躲避北元屠戮而逃入大城市无辜百姓们，经历了瘟疫打击后，又要面临断粮的威胁。尽管大伙在大都府的带领下，已经吃了多半年的鱼，每日消耗的谷物量已经不到原来的三分之一。
可几百万张嘴加起来，三分之一的需求也足够将福建拖垮。
广南东路、广南西路这些新收复地区，还有琼州和流求，已经尽了最大努力，将存粮调往福建，调往人口集中的几个大城市。可城市内的粮价依旧飙升不止，个别不法商贩开始发国难财，利用百姓的恐惧心理囤积居奇。
局势慢慢险恶起来，随着军事危机的缓解，大都督府控制地域的内部矛盾日益突出。
六月初，陈家派出船队去占城买粮。苏家应文天祥之请，派船队绕过万里石塘，远赴小天竺购买稻米。
六月初，福建暑热，疫情稍稍缓解后，逆向朝江南西路与福建路交界处蔓延。元江西行事右丞，平宋都元帅达春率部后撤一百二十里，将北元兵马完全撤离了福建。
六月初，两江、两浙、荆湖、两广诸路大儒云集福建，冒着暑热和被瘟疫感染的危险，在福建大都督府门前情愿，联名要求宋丞相文天祥在即将召开的约法会上，重申君臣纲常，把理学作为立国之本，写入约法。
六月中，破虏军副统领邹洬带大军收复柳州，北元荆湖大总管，尚书右丞相阿尔哈雅自荆湖南路引兵来战，被张唐击破，狼狈逃去。
杜浒引军攻邕州，守将马成旺及其子都统马应麒以城降。杜浒数其父子在危难时刻弃宋不义之事，推出帐外斩之。
广南东路巨寇陈懿本托身于许夫人麾下，闻此事，率部再反。张元遣军围剿，杀之于循州白鹿山。
至此，广南两路，除诸苗聚居的特磨道、右江道和宜、融两州外，大部分落入破虏军之手。副统领邹洬一边派遣将领，入山剿灭土匪，稳定地方，一边依照文天祥的将令派遣军中有功绩者返回福建，参加即将召开的约法大会。
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