元代初年仍名建康府，旋改称建康路，后又名集庆路，先后隶属于江淮行省和江浙行省，并一度成为管辖江浙、江西、湖广三省的江南诸道行御史台的治所。集庆路辖有上元、江宁、句容三县及溧水州和溧阳州。六合县则属扬州路。
明代建国后，于１３６年以应天府(朱元璋于１３５６年改集庆路为应天府)为南京，１３７年定南京为京师，１４２１年明成祖以北京为京师，恢复南京之名，作为留都。应天府在明初时辖上元、江宁、溧水、江浦、句容、溧阳六县，后加辖六合、高淳二县。
清代初年，改南京为江南省，改应天府为江宁府，所辖八县如故。后江南省分为江苏、安徽两省，江宁府隶属于治所设在苏州的江苏巡抚管辖，但管辖江苏、安徽、江西三省的两江总督衙门设在江宁。
太平天国时期，改江宁府为天京，并以天京为中心设天京省，以江浦为中心设天浦省。后清军攻陷天京，又复名江宁府如故。
辛亥革命后，中华民国定都于江宁府，并改江宁府为南京府，废上元、江宁二县。迁都北京后，江苏省治自苏州迁来南京，旋废南京府，设江宁县，并设立治所在江宁的金陵道，辖江宁、江浦、六合、高淳、溧水、溧阳、句容、丹徒、丹阳、金坛、扬中等县。１９２７年国民政府定南京为首都，废金陵道，南京先后被称为“南京市”、“南京特别市”、“南京直辖市”及“首都市”等名，辖境为明南京城外郭以内及江浦县的浦口镇；江宁县则属江苏省政府管辖。１９２９年江苏省政府由南京迁至镇江。
中华人民共和国建立初期，南京仍为直辖市。１９５２年改为江苏省辖市，为省人民政府驻地。１９５７年起辖有江宁、江浦、六合三县，１９３年起增辖溧水、高淳二县。
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