当8月份威廉·腓特烈开始动员之际，在布歇指挥之下皇帝本人在慕尼黑的法国大军团的兵力分布如下：第军20,000人，由贝尔纳多特指挥，位于安斯巴赫和纽伦堡；第三军27,000人，由达武指挥，在诺尔德林根的附近。第四军32,000人，由苏尔特指挥，在因河上。第五军22,000人，由勒菲弗尔指挥，在美因河下游地区。以后改由兰纳斯指挥。第六军20,000人，由内伊指挥，在依里尔河和上多瑙河。第七军17,000人，由奥热罗指挥，位置在法兰克福周围。老近卫军和青年卫军，共16,400人，由欧丁洛特指挥，留驻巴黎，后改由勒菲弗尔指挥。骑兵军共有28,000人，由缪拉指挥。可是拿破仑直到9月5日才颁发他的第号作战命令。
那天他写信给布歇，命令他侦察所有从班门堡到柏林的道路，并准备使第四，第六，和第七这三个军，在接到开拔命令后天之内，全部集结到巴姆堡。四天之后，他写信给布歇说旦战争发生，他的作战线将是斯塔斯堡----曼海姆----马因斯----沃尔兹堡线。第二天他又道：“普鲁士人的行动还是依旧莫明其妙。他们是想要接受次教训。我的骑兵明天出发，近卫军在几天之内也可出发。如果消息继续传来，表明普鲁士人已经丧失了自己的头脑，那么我会直接前进到沃尔兹堡或班门堡。”所以如波纳将军指出的那样，直到此时拿破仑还没有决定他的最后行动方向。如果普军美因河下游谷地，他就会把沃尔兹堡当作集点，如果普军继续徘徊不前，他就会把班门堡作为集点，再取道德累斯顿或莱比锡，就可以直扑柏林，迫使敌人后退或接受会战。9月13日，他又写信给布歇说：“如果普鲁士军萨克森，那么沃尔兹堡就将成为集点。”九月十五日他又改变初衷，最后决定还是以班门堡为集点。9月18日，他得知普军已经于9月13日萨克森，认为这就是宣战的表示，遂于当夜十点钟命令近卫军沿着驿站，从巴黎向马因斯进发。同时，他又写了封长信给他的继子尤金亲王，命令他注意提防奥地利的动向。尤金此时指挥意大利境内的军事行动，他所辖的部队有驻在意大利北部的马塞纳军，共70,000人，以在达尔马提亚的马尔蒙军，共12,000人。
拿破仑对奥地利方面，几乎已经获得了确有把握的消息；他在9月18日和19日，共口述了百零二封信件、通信和命令，由他的军政部长克拉克将军笔录。其最重要的是《有关大军团集的般性指示》----这就是耶拿战役的基本件。根据这个件，大军团所占领的位置是这样的：
第军贝尔纳多特于10月2日占领纽伦堡。
第三军达武于10月3日占领班门堡。
第四军苏尔特于10月4日占领阿姆堡。
第五军勒菲弗尔于10月3日占领肯尼斯西芬。
第六军内伊于10月2日占领安斯巴赫。
第七军奥热罗于10月2日占领法兰克福。
辎重纵队于10月3日集在沃尔兹堡。
野战司令部于10月3日设立在班门堡。
这个命令十分冗长而详细；它是在9月20日发出，在慕尼黑的布歇于9月24日才收到。
9月19日，拿破仑发了封信给他的兄弟荷兰王路易，在信他这样的写道：“依照我的意图，你是不必进攻的，但是我希望你能虚张声势来威胁敌人，以便吸引敌军向北。”其后他又告诉路易应在公报上故意夸张他在威塞尔的部队数量。他说：“我希望这些部队10月初已在行动，因为你的行动只是虚张声势以吸引敌人的注意力，而我可以乘机对于他们加以迂回。”
同天，他在弗兰德又成-->>