当莫朗德正在达武左翼作战时，福利安在他的右面，攻占了斯普尔堡和波佩尔，后者曾经失而复得，然后到了利斯多夫。所以到正午时，古丁仍然扼守着哈森哈森，而莫朗德在南，福利安在北，由他们的炮兵实行纵射来威胁施密特、奥南格和瓦尔特斯内本的撤退。当这些师后退时，古丁也随之前进，攻克陶格维兹，向吉恩斯塔特挺进。在普军方面，卡尔克劳斯已经在那里集了两个预备师的主力。有了这个兵力，再加上全部的骑兵，布吕歇尔和卡尔克劳斯立劝普鲁士王再回戈击。可是威廉·腓特烈却以为霍恩洛赫和鲁歇尔两个军团依然完整恙，所以决定退向他们那边，准备会合之后再在第二天向法军挑战。
普鲁士军于下午十二点三十分开始撤退，法军的追击以艾卡特斯堡为限度，因为达武的部队已经力竭，而且他的骑兵也不足以逐退普鲁士军。在卡尔克劳斯的掩护之下，普鲁士军保持着相当良好的秩序，直退到马特斯提德为止。从那里可以看见阿普尔达周围地区的营火。他们还认为那是霍恩洛赫的部队，可是不久就碰到了惊弓之鸟似的溃兵，才知道霍恩洛赫已经被击溃了，那些营火是法军的。这也就是说魏玛道路已经被切断，普鲁士王立即命令他的军队向北旋转，改从索米达道路行走。在布特尔斯提德，这些精神已经痪散的人员遇到大批溃兵，如潮水般从耶拿方面撤退而来。于是情形更加混乱。因为他们相信法军正在跟踪追击，所以各个单位都已经溃不成军。法军共俘获了25,000人，火炮200门，军旗60面。
除第三军，法军其他各部的死伤数字都已不可考。这个军损失了军官258人，兵员6,794人，约相当于这个军全部兵力的四分之，由此可以证明这个战役是何等激烈。古丁师的损失约为百分之四十，在会战，胜利部队的损失高到如此的程度，可以说是破了有史以来的记录。
10月15日，拿破仑在他的第次公报曾经这样说：“耶拿会战扫除了罗斯巴赫的耻辱。在我们的右翼，达武元帅的部队表现最为优异。不仅阻止了敌军前进，而且击败了敌军主力。这位元帅表现出来的过人英勇和坚定性格，都是战士的第流楷模。”
10月15日上午，法军开始进行历史上最著名的追击：缪拉、苏尔特、内伊和贝尔纳多特，分别痛剿敌军残部，并消灭其抵抗力；而拿破仑则率领达武、奥热罗、兰纳斯和近卫军，沿大路向柏林进发。此外，路易和莫提尔也奉命向希斯进攻。
10月27日，拿破仑以胜利者的姿态柏林，虽然和约的条件已经讨论并决定了，普鲁士王还是接到圣彼德堡送来的个通告，说如果他仍与俄国保持同盟关系，那么沙皇就将亲率十四万人来援助他，所以他就拒绝批准和约。这时，普国境内的要塞，都连续向法军投降，其包括着埃尔弗特、普林兹劳、斯潘多、斯特丁、昆士庭、马德堡和哈米仑等地。11月7日，布吕歇尔也在卢贝克投降了。所以在二十四天之内，普鲁士和萨克森的全部军事力量都已经毁灭殆尽：战死和负伤者共25,000人，被俘者为100,000人，其余的兵力也都完全瓦解。法军所获得的战利品更是多得法计算，单单在柏林就有火炮4,000门，马20,000匹和枪100,000枝。
从战略和战术两方面来看，很少有哪次胜利具有的决定性能够与耶拿-奥尔施塔特双重会战相比拟。不过在政治方面，拿破仑却并未能达到他的目的。普鲁士的失败并未使英格兰退出战争，而也正是因为这点，才使这两个会战在历史上具有广泛的影响。它们没有带来和平，反之在它们之后，欧洲还是连年苦战，终至民穷财尽，结果当拿破仑最后被推翻时，英国的世界霸权也从此奠定了基础。从此英国变成了全世界的工厂和银行，这也正是拿破仑所竭力阻-->>